Es el único aeropuerto del Departamento de Junin y es apto para el desarrollo aéreo comercial, además de ser un aeropuerto estratégico para operaciones militares. Actualmente recibe vuelos comerciales diarios desde la ciudad de Lima y, eventualmente, varios vuelos privados y charter. Debido a la cercanía (300 kilómetros), la población de estas ciudades prefiere viajar a la ciudad de Lima donde se encuentra el Aeropuerto Internacional Jorge Chávez, el principal del país.
La Dirección General de Aeronáutica Civil del Ministerio de Transportes no da la licencia para que operen los servicios comerciales, aduciendo que no contamos con una torre de control, lo cual creo que sería simple de solucionar si hubiera voluntad política, enfatizó. Remarcó que se planteó el tema al presidente del Gobierno Regional Junín, Valdimiro Huaroc, y éste mencionó que ha solicitado la trasferencia del aeropuerto, pero solo quedó en intenciones. Asimismo, menciono que las aerolíneas Star Perú y Lan desean efectuar sus operaciones, según informa el diario El Correo.
Al respecto, consultamos la opinión del ex presidente de la Corporación Peruana de Aeropuertos y Aviación Comercial CORPAC y actual presidente de la Comisión de Derecho Aeronáutico del Colegio de Abogados de Lima, Julian Palacín Fernández, quien expresó que es responsabilidad de la DGAC realizar con carácter de urgencia las mejoras y en todo caso reforzar la pista de aterrizaje, en relación al peso, a fin de que se autoricen las operaciones aerocomerciales de y hacia el aeropuerto de Juaja, expresando que esta preocupación fue una de sus prioridades cuando se desempeñó como presidente de CORPAC en setiembre de 2002 y abril de 2003, lamentablemente, los gobiernos a veces no tienen visión de largo plazo y en la DGAC y en CORPAC no implementan las políticas que necesitan las regiones para desarrollarse e integrarse con los principales centros económicos, turísticos y culturales del Perú y el mundo, Junín dijo el Dr. Palacín tiene derecho a tener servicios de transporte aéreo regular, por lo que sugirió que la DGAC y CORPAC realice las coordinaciones inmediatas para satisfacer las necesidades del aeropuerto Francisco Carle, que está asfaltado, tiene 2,800 metros y puede ser la infraestructura que necesita hoy Junín, para mejorar las condiciones socioeconómicas de todos sus habitantes, la política aérea tiene que estar al servicio del pueblo y los técnicos y especialistas en derecho aéreo tienen que encontrar las soluciones para que se habilite en el más breve plazo el aeropuerto de Jauja para que puedan operar los Boeing 737-200 y/o similares.