Más tarde, la llegada de los españoles marcó el inicio de las conquistas en la Selva. Así en 1549,Juan Pérez de Guevara fundó la ciudad de Santiago de los 8 valles de Moyobamba, la primera ciudad hispana asentada en la selva.
Durante buena parte del siglo XIX la Región se vio sumida en el aislamiento por dificultades de comunicación; sin embargo con el boom del Caucho se unió la integración al País. San Martín formó parte del departamento de Loreto hasta 1906, y el 4 de septiembre de ese año pasó a ser un departamento independiente.
Actualmente se destaca por tener un gran potencial agrícola, donde despuntan las plantaciones de arroz y yuca, energético y por supuesto turístico.
Cabe destacar que el Río Huallaga es la columna vertebral de una de las mas diversificadas y potencialmente ricas cuencas del país. En realidad todo el territorio es un santuario de agua en todas sus versiones de ríos, lagos, cochas, cataratas, pongos, balnearios y termas. Es decir, verdaderos juegos acuáticos con múltiples parajes de recreación capaces de congregar gran cantidad de bañistas.
Sus desventajas económicas y demográficas (según las proyecciones para el próximo año, es decir el 2010, el departamento recién llegara al millón de habitantes) se gratifica con bellezas como el área natural del Abiseo y las 2,500 especies de orquídeas de Altomayo.
Según el reconocido periodista Aurelio Miro Quesada:
“Moyobamba se nos aparece pulcra,pequeña, silenciosa, casas de uno o dos pisos,paredes uniformemente blancas, con una blancura prodigiosa, bajo la luz intensa; no hay nada que perturbe esta impresión de oasis, de reposo agradable,de confianza”.
Y es que en realidad no existe parangón con los licores de Moyobamba, las palmeras de Tarapoto, los sombreros de Rioja y sobretodo con el magistral ejemplo convivencial de los indios y mestizos de Lamas.
Sus atractivos Ecoturísticos son:
1. Baños termales de San Mateo Su temperatura varia entre los 32C y los 40C y son conocidas sus propiedades medicinales, ya que sus aguas son ideales para la artritis, el reumatismo, los dolores musculares y el estrés.
2. Aguajales Renacal del Avisado: Entre sus abundantes plantas destacan el aguaje y el renaco, del mismo modo habitan en la zona distintas especies de mamíferos(lobos de río, monos frailes, pichicos, machines negros y perezosos),aves, peces, reptiles e insectos. Es un ecosistema húmedo y único en el mundo por su altitud, nada menos que 800m.s.n.m.
3. Morro de Calzada: Tiene un clima de bosques húmedos nubosos, templado en el día y frío en las noches, dependiendo de la altura. Este cerro está ubicado en la selva alta, tiene una altura de 600 metros por encima del valle y es un mirador panorámico natural de 360 que presenta formaciones calcáreas.
4. Cataratas de Paccha Las cataratas están rodeadas de frondosa vegetación y sus aguas provienen de la quebrada de Paccha (o tierra, en quechua).Existen 3 caídas de agua de unos 30 metros, que forman una suerte de piscinas ideales para bañarse.
5. Laguna Azul: La laguna es hábitat de garzas, martín pescador, sachapatos, aguilas, diversos anfibios, reptiles y peces. El lugar está rodeado de plantaciones de frutales, parcelas cultivadas de maíz, frijol, plátano, yuca y arroz, así como pastizales para el ganado. Se compone de 350 ha. y un espejo de agua de hasta unos 35m de profundidad. Sus aguas tiene una temperatura que oscila entre los 25C y los 28C,su color esta transcurre entre verdes y azules.
6. Lago Lindo: Es un área privada de reserva eco-turística que se encuentra en el extremo sur de la Laguna Azul.
Llaman la atención las copas de los árboles que sobresalen en el lago y donde las aves han formado sus nidos, particularmente sobre la gran variedad de helechos.
Esta conformada por 2 pequeñas lagunas: Sunicocha (conocida comercialmente como Lago Lindo) y Limón Cocha caracterizada por su agua salada. La belleza de Lago Lindo se caracteriza por la prístina vegetación por la que es circundada, en la que prolifera gran cantidad de vida.
7. Cataratas de Ahuashiyacu: Las aguas se precipitan sobre una roca rodeada de tupidos helechos, orquídeas y diversas especies de árboles. En los alrededores puede observarse gran variedad de mariposas, aves e insectos. Se trata de una caída de agua de 40 metros de altura, ubicada en el cerro La Escalera, a 465 m.s.n.m.
8. Cascadas de Carpishoyaku y Baños Termales de San José: Después de una caminata de 20 minutos se llega a los baños termales, un conjunto de chorros de agua caliente que brotan del cerro. Desde allí se puede caminar 15 minutos mas para llegar a una gran poza de aguas templadas.
9. Cataratas del Breo: Aquí las rocas gigantes de mas de 4 metros de altura están cubiertas por una delgada alfombra de algas y musgo. Están ubicadas en la cuenca alta del río Huayabamba, sobre un maciso rocoso cubierto de vegetación de bosque típico se selva alta. Ostentan una caída de agua de unos 140 metros y presentan 4 niveles.
El sendero que lleva hasta las cataratas es ideal para observar sobretodo los nidos colgantes de páucares, aves características del lugar.
10. Sitio Arqueológico Gran Pajaten: Este es otro de los asuntos que los arqueólogos aun tratan de explicar con exactitud. El complejo arqueológico es atribuido a la cultura Chachapoyas (1200 – 1500d.C),se encuentra en la margen derecha del rio Montecristo , a 2850 m.s.n.m, dentro del Parque Nacional Río Abiseo, declarado Patrimonio Natural y Cultural de la Humanidad por la UNESCO en 1991 y 1992 respectivamente. La arquitectura es predominantemente de plantas circulares y plataformas empedradas, y presenta alto relieves con motivos geométricos, zoomorfos y antropomorfos como elementos decorativos.
A primera vista, el lugar parece cubierto por una densa vegetación. Las construcciones se extienden desde los flancos de la meseta hasta un sector denominado Las Palmas y presenta edificios construidos en diferentes niveles.
Saliendo del Campamento Macedonio, a solo 20 minutos se encuentra el Santuario Funerario Los Pinchudos (2800 m.s.n.m), que destaca porque fue edificado en un gran peñasco y por presentar frisos coloridos y tallas antropomorfas de madera.
