El obispo británico dirige desde 2003 el seminario de la Fraternidad Sacerdotal San Pío X, que reúne a los seguidores del arzobispo ultratradicionalista Marcel Lefebvre. El Vaticano exigió a Williamson que se retracte de sus afirmaciones que negaban el genocidio judío. En una entrevista grabada en Alemania en noviembre de 2008, Williamson afirma que los judíos asesinados por los nazis no son más que "200.000 a 300. 000", a la vez que cuestionó lo sucedido en los campos de concentración.
Pero el controvertido obispo dijo en una entrevista a un medio alemán que no tiene intenciones de retractarse. El clérigo radicado en Argentina anticipó que sólo renunciará a su tesis sobre lo ocurrido en los campos de concentración nazis cuando conozca pruebas históricas. "Cuando encuentre esas pruebas, entonces me corregiré, pero para eso se necesita tiempo", dijo el religioso en una entrevista que publica "Der Spiegel" en su última edición.
Williamson también cuestionó el Concilio Vaticano II. "Eso llevó al caos teológico que sufrimos actualmente", aseguró. "¿En Alemania se tratan igual todas las contravenciones? No lo creo. Más bien me parece que soy el instrumento con el que se ataca a la Fraternidad San Pío X y al Papa. Parece que el catolicismo de izquierda alemán todavía no le perdonó a Ratzinger que fuera elegido Papa", sostuvo Williamson en la entrevista.
